Ban Tôn giáo Chính phủ thực hiện hoạt động căn cứ vào Nghị định 91/2003/NĐ-CP, ngày 13/8/2003. Ngày 8 tháng 8 năm 2007 Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký ban hành Nghị định 08/NĐ-CP chuyển Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương, Ban Tôn giáo Chính phủ và Ban Cơ yếu Chính phủ vào Bộ Nội vụ.

Ban Tôn giáo Chính phủ có trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 30/2003/NĐ-CP ngày 01 tháng 4 năm 2003 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan thuộc Chính phủ và những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể như:

• Trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ các dự án luật, pháp lệnh và dự thảo văn bản quy phạm pháp luật khác về lĩnh vực tôn giáo; chiến lược, các chương trình, kế hoạch dài hạn, 5 năm và hàng năm, các dự án quan trọng thuộc lĩnh vực tôn giáo; trình Bộ trưởng được Thủ tướng Chính phủ phân công ký ban hành các văn bản quy phạm pháp luật thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Ban.
• Chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, chương trình, kế hoạch sau khi được phê duyệt; Chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, cơ quan Trung ương của các tổ chức chính trị - xã hội và tổ chức khác có liên quan
• Thực hiện các chủ trương, chính sách tôn giáo của Đảng và Nhà nước về bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo, theo hoặc không theo một tôn giáo nào của công dân, quyền sinh hoạt tôn giáo bình thường theo đúng pháp luật; bảo đảm sự bình đẳng giữa các tôn giáo trước pháp luật; chống mọi hành vi xâm phạm tự do tín ngưỡng, tôn giáo hoặc lợi dụng tín ngưỡng, tôn giáo để làm trái pháp luật và chính sách của Nhà nước Việt Nam.
• Giải quyết theo thẩm quyền hoặc trình Thủ tướng Chính phủ giải quyết các vấn đề cụ thể về tôn giáo theo quy định của pháp luật.
• Hướng dẫn và hỗ trợ chính quyền địa phương các cấp về công tác tôn giáo và giải quyết những vấn đề quan trọng về tôn giáo. Làm đầu mối liên hệ với các tổ chức tôn giáo.
• Thẩm định hồ sơ trình Thủ tướng Chính phủ công nhận tổ chức tôn giáo theo quy định của pháp luật.
• Thống nhất quản lý về xuất bản các loại sách kinh, các tác phẩm, giáo trình giảng dạy, văn hoá phẩm thuần tuý tôn giáo của các tổ chức tôn giáo được Nhà nước cho phép hoạt động; tham gia quản lý các khu di tích văn hoá lịch sử, danh lam thắng cảnh liên quan đến tôn giáo.